「iPhone ソフトウェア 2.1」へのアップデート後、現在位置を取得することができない現象が発生する場合があるようです。
Apple Support Discussions [GPS] OS2.1へのアップデート後、現在位置を取得できません
Wi-Fi の設定をオンオフしたり、電源を入れ直したりすると解消するようです。また、16GB での発生が多く報告されていました。
自分（16GB/黒）はGPS の即位はアップデート後、試していなかったので、念のため確認してみましたが問題ありませんでした。
もし、同様の現象で悩んでいる方がいらっしゃれば、ディスカッションボードをのぞいてみてください。